Somaliassa on viime kuukausina joutunut yhteensä yli sata tuhatta ihmistä pakenemaan kodeistaan, yhteensä pakolaisia on maassa miltei miljoona. Virallisten lukujen mukaan 1.5 miljoonaa ihmistä on perusavun, kuten suojan, ruuan ja veden tarpeessa. Erityisesti naisia uhkaa seksuaalinen väkivalta, jota laittomia tiesulkuja pystyttävät miliisit harjoittavat yleisesti. Raiskaukset ovat arkipäivää myös syrjäisillä pakolaisleireillä.
Somaliassa toimiva YK:n pakolaisjärjestö pyrkii auttamaan väkivaltaisuuksia paenneita ihmisiä. Toiset YK-järjestöt, kuten UNICEF, ovat aloittaneet paikallisten terveydenhuoltoalan ja kansalaisjärjestöjen henkilöstön kouluttamisen seksuaalisen väkivallan ennaltaehkäisemiseksi ja uhrien hoitamiseksi Somaliassa. Maan turvallisuustilanteen heikentyminen on kuitenkin vaikeuttanut humanitaaristen apujärjestöjen toimintaa alueella. YK onkin kehottanut kaikkia kriisin osapuolia lopettamaan iskujen kohdistamisen siviileihin ja takaamaan humanitaarisen avun turvallisen ja esteettömän perillemenon.
YK:n mukaan maailman tällä hetkellä kaksi vakavinta kriisipesäkettä ovat Somalia ja Sudanin Darfur. Järjestön mukaan maiden sisäiset kiihtyvät väkivaltaisuudet ja niiden pahentamat humanitaariset ongelmat muodostavat merkittävän haasteen kansainväliselle yhteisölle.